Aaudit mutu internal dilakukan oleh Tim Mutu Universitas Nazahtut Thullab Al-Muafa Sampang untuk setiap prodi yang ada. Audit Mutu Internal merupakan udit yang dilakukan untuk menentukan tingkat kesesuaian pelaksanaan kegiatan terhadap standar internal organisasi sendiri (standar mutu Internal), Peraturan, Prosedur, Instruksi kerja, dalam rangka peningkatan mutu institusi dan mengurangi risiko ketidaktercapaian standar/penurunan kualitas.