Pelaksanaan AMI memerlukan perencanaan yang baik untuk memastikan semua komponen AMI yang meliputi kebijakan, lingkup audit, auditor, waktu dan tempat, serta dokumen yang diperlukan telah dipersiapkan dengan baik. Proses AMI sendiri dilakukan dalam dua tahap, yaitu Audit Sistem dan Audit Keseuaian. Hasil dari kedua tahapan tersebut kemudian dirumuskan dalam Laporan AMI. Kegiatan inti yaitu tanya jawab dari auditor kepada auditee untuk memeriksa kesesuaian isian instrumen dengan dokumen/data/fakta yang ada terkait implementasi sistem mutu.
